Además del turismo, las oficinas públicas y el comercio, la economía de la ciudad se estructura sobre la base de la producción citrícola, la apicultura, la forestación, los aserraderos, y en un incipiente desarrollo, las pequeñas explotaciones frutihortícolas cultivada en invernáculos.

De todas, por su trayectoria se destaca la madera, ya que la ciudad de Federación en gran parte del siglo pasado fue un polo de desarrollo maderero considerado en el país y llegó a contar con más de 50 aserraderos.
Sin perder su preponderancia en la economía local, al día de hoy los aserraderos han sufrido un marcado retroceso en cantidad y producción, lo que afectó notablemente la mano de obra local, aunque en un gran porcentaje la economía de la ciudad depende del movimiento que genera el área industrial donde se instalaron todos los establecimientos de esta actividad. En la actualidad se encuentran funcionando un total de 22 aserraderos que han incorporado tecnología de punta, lo que les permite diversificar la producción y abrir nuevos mercados como la industria del mueble, a partir de la utilización del eucaliptos saligna, la variedad que se procesa en mayor porcentaje en nuestro área industrial.

La citricultura también hace un valioso aporte a la comunidad generando una importante demanda de mano de obra. La zona en que se encuentra la ciudad de Federación se caracteriza por abarcar el mayor porcentaje de quintas en el territorio provincial.

Un total de 2.500 hectáreas, lo que equivale a un 51% de las plantas sembradas en Entre Ríos, trabajadas por unos 2.300 obreros.
En cuanto a la comercialización, el 40% de la producción se exporta, otro 40% se coloca en el mercado interno y el restante 20% se utiliza en la industria para la fabricación de jugos y otros derivados.

Las formas de venta alternan entre la venta en quinta sin procesar, en cajón o por kilos (48%), la venta por monte cítrico o plantaciones (22.3%) y la venta de productos embalados y puestos a consignación (16%).

Esta actividad está asomando como una alternativa para los pequeños y medianos productores de la ciudad. A través de invernáculos que cada vez son más en los alrededores de la planta urbana, se producen diversos tipos de hortalizas y verduras como morrón y tomate, o en el caso de las frutas puede tratase de frutillas, durazno, nuez y otras.

Se produce en forma artesanal y como economías familiares, aunque hay sobresalientes productores que están en el rubro y tienen sus colmenas en distintos lugares del país como las provincias de La Pampa, Buenos Aires, Santa Fe y la zona de Victoria en Entre Ríos, llegando a exportar la producción.